Colonizadores españoles liderados por el Sargento Félix Arias fundaron esta localidad guajira el 24 de junio de 1.701, la cual estaba habitada inicialmente por indígenas de distintas comunidades.
San Juan del Cesar ha sido cuna de importantes artistas, principalmente cantautores vallenatos, como Diomedes Díaz (Corregimiento de la Junta), Juancho Rois, Nelson Velásquez, Luis Egurrola y Hernando Marín, entre muchos otros, por lo que esta localidad se distingue por el Festival Nacional de compositores que se celebra cada durante los primeros días del mes de diciembre.
INTERASEO S.A.S. E.S.P. tiene como objeto en San Juan del Cesar dar soluciones a la problemática de los residuos sólidos bajo la modalidad de prestación del servicio público de aseo, efectuando un manejo integral de los mismos, cumpliendo con las disposiciones legales existentes y satisfaciendo las necesidades de las administraciones públicas, los usuarios y la comunidad